По последним исследованиям нынешнее русло река Москва заняла около 12 тысяч лет назад. Бассейн реки был заселён уже в каменном веке, о чём свидетельствуют неолитические стоянки в Крутицах, Коломенском, Алёшкине, Щукине, Серебряном Бору, Троице-Лыкове.